什么，SRA测序数据要收费了

如果大家学过了我免费共享在B站的不同的数据分析视频课程，见：

可以发现，这些三年前的视频教程里面都是从SRA（Sequence Read Archive）数据库下载文献的测序数据，我也在五年前详细解读过SRA数据库的结构：

层级结构是：SRP(项目)—>SRS(样本)—>SRX(数据产生)—>SRR(数据本身) 伴随数据库是project，层级是PRJNA —> SAMN 链接如下：

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP078156 查看样本列表
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP078156 下载样本ID表格
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA327548
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SAMN05341212

当然了，实际上是有六种不同的SRA数据库编号，以S开头，官方说明链接：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK56913/#search.what_do_the_different_sra_accessi 不过我们不需要掌握那么多。

但是很多学员反馈说，跟着我的代码，下载SRA数据库的文件速度非常感人，也就是十几KB每秒，而我们的测序原始数据经常就几个TB，所以都放弃了。

后来我又统一了文献数据下载教程，因为美国的NCBI的SRA与欧洲的EBI-EMBL以及日本的DDBJ数据库共享数据，所以我建议大家去EBI下载，见：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据  , 首先使用conda安装aspera

conda create -n download
conda activate download
conda install -y -c hcc aspera-cli
conda install -y -c bioconda sra-tools
which ascp
## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪
ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

我们已经多次介绍过conda细节了，这里就不再赘述。

• 生信技能树B站软件安装视频
• https://www.bilibili.com/video/av28836717

然后就可以使用conda配置好的aspera软件进行高速下载，同时需要学习欧洲的EBI-EMBL以及日本的DDBJ数据库的编号规则：

欧洲的EBI-EMBL以及日本的DDBJ数据库的编号规则

首先SRA数据库准备放弃存储碱基质量值

但是今天（2020-07-04 ）刷朋友圈居然看到了 Heng Li 的推特截图：

SRA数据库准备放弃存储碱基质量值

居然，SRA数据库准备抛弃用户上传的fastq测序数据里面的质量值。

关于fastq格式测序数据

FastQ格式也是序列格式中常见的一种，它存储了生物序列以及相应的质量评价，其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示，最初由Sanger开发，目的是将FASTA序列与质量数据放到一起，目前已经成为高通量测序结果的通行标准格式。

FastQ格式和FastA格式都是用来表示序列，其中FastQ格式是4行表示一个序列，而FastA格式只有两行。FastQ格式增加了2行，但其实仅仅是增加了序列对应碱基的质量值信息。

FASTQ文件中每个序列通常有四行：

• 1.第一行：必须以“@”开头，后面跟着唯一的序列ID标识符，然后跟着可选的序列描述内容，标识符与描述内容用空格分开；这个与FastA格式的第一行类似，差异就是FastA格式的序列标识通常是大于号">"开头。
• 2.第二行：序列本身，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号，编码规则见前文的标准IUB / IUPAC 表格；
• 3.第三行：通常就是一个简单加号字符“+”占位即可
• 4.第四行：序列的碱基组成的质量字符，每个字符对应第二行相应位置碱基或氨基酸的质量。

重点是理解质量字符，比如A，首先大家需要理解ASCII码，然后需要理解Phred quality score

居然还收费

怕粉丝理解不清楚，Heng Li又解释了一番：

SRA数据库提供付费下载

不知道是不是疫情影响？他们经费缩减？

我感觉可以考虑国内的测序数据存储中心了，大家可以留言推荐一下国内好用的数据库哦！直接留言上墙！

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